Organon è stata fondata nel lontano 1923 da Saal van Zwanenberg, al quale più tardi fu conferita la laurea "honoris causa" in Medicina, e da E. de Laqueur, professore presso la facoltà di Farmacologia dell’Università di Amsterdam.

Organon è presente con i suoi prodotti in oltre 100 paesi, nella metà dei quali con una propria sede.

In Italia, Organon è presente dal 1948:  in un primo tempo è stata rappresentata dalla società "Stabilimenti Chimico-Farmaceutici dott. R. Ravasini & C.ia."; nel 1970, questa società è stata rilevata dalla Organon, pur mantenendo la stessa denominazione sociale.

Dal 2 Maggio 1990 la denominazione sociale è diventata Organon Italia S.p.A., in linea con il gruppo internazionale.

La sede legale ed amministrativa è nel centro storico di Roma, in via Ostilia 15.